Egyiptom történelmi korszaka a Krisztus születése előtti harmadik és negyedik évezred fordulóján kezdődött. Az ősi kulturális hagyomány, amely a betolakodók és belső megrázkódtatások befolyásán ment keresztül, egészen a kereszténység felvételéig, az i.sz. IV. századig tartott. Csaknem három és fél ezer éve az egyiptomi istenek listája és funkciói jelentős változásokon mentek keresztül. Az egyiptomi istenek szomszédaikra – asszírokra, hettitákra, hiksoszokra, hellénekre – jellemző vonásokat és neveket kaptak.
Egyiptom egyetlen uralkodó uralma alatt történő egyesülése után az ország egyes régióinak és törzseinek számos istene belépett a közös panteonba, de legtöbbjüket csak abban a környezetben tisztelték, ahol kultuszuk keletkezett. Egyes istenek fokozatosan közös egyiptomi jelentést nyertek. Bastet istennő, akinek macskafeje van, kétségtelenül a macskák, mint az egerek gabonatartalékainak őrzői tiszteletének kultuszából nőtt ki. A mezőgazdaság óriási szerepet játszott Egyiptombanszerepet, ellentétben például a Hellasszal, amely elsősorban a kereskedelmi és katonai hódításoknak köszönhető. Az antropomorf egyiptomi isteneket gyakran felruházták egy állat fejével, amelynek tisztelete alapján ez vagy az a kultusz keletkezett. Például Thoth istennek íbisz feje volt, Sokhmet (Sekhmet) istennőnek oroszlánfeje volt, Anubisznak pedig kutyafeje volt.
Ahogy az ország egyes területei emelkedtek, dinasztiák cserélődtek vagy a főváros új helyre „költözik”, az „első lépcső” egyiptomi istenei is megváltoztak. Az ókori egyiptomi vallás érdekessége volt a nagyszámú kozmogonikus mítosz jelenléte (vagyis a világ eredetének változatai), és minden helységben a helyi istenség játszotta a főszerepet ebben a nehéz kérdésben.
A helyi szeparatizmus alapjává váló egyiptomi istenekre kétségkívül egyetlen országnak sem volt szüksége. Emellett számos kultusz nagy mennyiségű anyagi forrás kiadását követelte meg, amelyet sokkal nagyobb haszonnal lehetett fordítani az ország belső berendezkedésére, a hadsereg fenntartására stb. A nagy gazdagság és befolyás birtokában a papi klánok közvetlenül a fáraó egyedüli hatalmát fenyegették.
Mindent egybevetve IV. Amenhotep fáraó, aki Ehnaton nevét veszi fel, bevezeti egy kisebb regionális istenség, Aton (az istenített napkorong) kultuszát, mint általános egyiptomi vallást. De a hagyomány tehetetlensége túl erős volt, és Ehnaton negyvenéves kora előtt meghal. A legmeggyőzőbb verzió szerint az voltmegmérgezve. Igaz, az üldözés nem érintette a családot, és felesége (a híres Nefertiti) még sok évvel férje halála után is életben maradt.
Az ország perzsa, majd hellén hatalomátvétele után az egyiptomi istenek és istennők fokozatosan kezdik elveszíteni korábbi befolyásukat, hanyatlásnak indulnak. Összeolvadnak a betolakodók isteneivel. Például Nagy Sándort Egyiptomban Zeusz-Amon fiaként tisztelték, egy szinkretikus egyiptomi-hellenisztikus istenség.
Amikor az egyiptomi istenek, akiknek nevük helyi és vegyes eredetű volt, egy új vallásnak – a kereszténységnek – kezdtek átadni, az ókori egyiptomi írások feledésbe lépése fokozatosan elkezdődött. Konstantin császár uralkodása alatt h alt meg az egyiptomi vallási hagyomány utolsó hordozója, amely után sok évszázadon át csak a görög és római történészek írásaiból ismerték az ókori egyiptomi istenek nevét. De mindketten akkor ismerkedtek meg az egyiptomi kultúrával, amikor az már hanyatlóban volt, és nem valószínű, hogy a papok idegeneket (gyakran agresszíveket) avattak volna be vallásuk titkaiba.
Arab tudósok és európaiak is többször próbálkoztak az ősi hieroglifák megfejtésével, de sikertelenül. És csak a tizenkilencedik század elején sikerült a zseniális nyelvésznek, Francois Champollionnak megtalálnia a kulcsot az egyiptomi szövegek megfejtéséhez. Ettől a pillanattól kezdve kezdődött az ókori Egyiptom történelmének és kultúrájának tanulmányozásának modern korszaka.
